Centre veikia Įstaigos taryba (savivaldos institucija) ir Mokinių taryba, kurios svarsto centro veiklos bei finansavimo bei kitus klausimus ir pagal kompetenciją, nustatytą centro įstatuose, priima sprendimus ir teikia siūlymus centre vadovui, atlieka visuomeninę Įstaigos valdymo stebėseną.
Įstaigos taryba (savivaldos institucija) yra aukščiausioji centro savivaldos institucija. Įstaigos taryba telkia centro mokinių bendruomenę, mokytojų bendruomenę, tėvų (rūpintojų) bendruomenę, vietos bendruomenę demokratiniam Įstaigos valdymui, padeda siekti Įstaigos strateginių tikslų ir įgyvendinti Įstaigos misiją.
Įstaigos taryba (savivaldos institucija):
- teikia pasiūlymus dėl Įstaigos strateginių tikslų, uždavinių ir jų įgyvendinimo priemonių;
- svarsto ir aprobuoja Įstaigos metinį veiklos planą, Įstaigos vidaus tvarkos taisykles, kitus Įstaigos veiklą reglamentuojančius dokumentus, teikiamus Įstaigos vadovo;
- teikia siūlymų Įstaigos vadovui dėl Įstatų pakeitimo ar papildymo, Įstaigos vidaus struktūros tobulinimo;
- svarsto Įstaigos lėšų naudojimo klausimus;
- išklauso Įstaigos metų veiklos ataskaitas ir teikia pasiūlymus Įstaigos vadovui dėl Įstaigos veiklos tobulinimo, vertina Įstaigos vadovo metų veiklos ataskaitą ir teikia savo sprendimą dėl ataskaitos Įstaigos savininkui;
- svarsto Įstaigos mokytojų, mokinių ir bendruomenės narių iniciatyvas ir teikia siūlymus Įstaigos vadovui;
- teikia siūlymus Įstaigos vadovui dėl Įstaigos darbo tobulinimo, saugių mokinių ugdymo ir darbo sąlygų sudarymo, talkina formuojant Įstaigos materialinius, finansinius ir intelektinius išteklius.
Centro Mokinių taryba – mokinių savivaldos institucija, atstovaujamuoju būdu Įstaigoje įgyvendinanti mokinių savivaldos teisę.
Centro Mokinių taryba inicijuoja ir padeda organizuoti Įstaigos renginius, akcijas, vykdyti prevencines programas, teikia pasiūlymus dėl ugdymo ir mokymo organizavimo, socialinės veiklos, organizuoja savanorių judėjimą, dalyvauja rengiant Įstaigos veiklą reglamentuojančius dokumentus, svarsto Įstaigos vadovo teikiamus klausimus, susitaria dėl Įstaigos veiklos organizavimo, deleguoja narius į Centro tarybą (savivaldos instituciją).